داستان بازی از جایی آغاز می شود که جوکر، سوپرمن را مسموم کرده است .سوپرمن به خاطر این مسمومیت که روی مغزش هم تأثیر گذاشته است. زن و خانواده اش را به قتل می رساند و شهر را به آشوب می کشد. در ابتدای بازی بتمن در حال بازجویی از جوکر است که سر و کله ی سوپرمن پیدا می شود و به دلیل حرفایی که جوکر می زند، سوپر من کار او را می سازد! در این حین داستان یک سوئیچ به زمان قدیم و چندین سال قبل می کند .
جایی که بتمن به ملاقات جوکر رفته و می بیند خبری از جوکر نیست و فرار کرده .اتفاقات مختلفی پیش می آید .تا این که در نهایت جوکر دکمه ی فعال کردن بمبی را فشار می دهد .
با دستگاهی که نزدیکش هست، به زمان آینده تله پورت می شود.در ادامه با ما همراه باشید.
